| 良種是生產優(yōu)良中藥材的物質基礎，在整個中藥材產業(yè)中具有舉足輕重的地位，也是當前中藥材產業(yè)全面發(fā)展面臨的一大重要課題。中藥材良種選育除了和普通農作物一樣觀察產量、抗逆性等，還必須堅持對整個生育期各個生長發(fā)育階段以藥用成分為指標的質量監(jiān)控。良種選育的方法很多、應用也十分靈活，但歸納起來最基本的方法有單株選育和混合選育法兩種。
單株選育法：在原始群體中選擇優(yōu)良個體分別收獲、保存，再分別撥中成株行，進行鑒定比較，淘汰不符合要求的株行，選擇有兩株行。此法由于將入選個體分別種成株行，以其后以表現為鑒定、比較和選擇的依據，誤選的不良單株后裔可以最大限度的剔出，因而選擇的效果好且最為常用。單株選育勿應于自花授粉，常異花授粉藥用植物，也可用于無性繁殖藥材，將選到的優(yōu)良單株，用營養(yǎng)繁殖的方式保留和鞏固。
混合選擇法：從品種群體中按一定的經濟性狀和特性（如成熟期、株高、產量、質量性狀等） ，選出優(yōu)良個體（單株），混合收獲，一年混合播種，與原品種和標準品種進行比較。此法由于將入選的個體混合收獲，混合撥中，因而不能進一步鑒定入選個體后代性狀表現，這樣便可能把優(yōu)良條件表現好而遺傳性狀并不理想的個體誤選。同時，在其后代進一步選擇時，一些不良后代分散在整個地塊中，難以全部被識別和剔出，因而降低了選育效果。混合選育簡便易行，并能迅速從原有品種混雜群體中分離出性狀優(yōu)良的類型，同時可獲得優(yōu)良種子，以花授粉藥用植物，用連續(xù)單株選育方法很難玉成穩(wěn)定一致的優(yōu)良品系，而用連續(xù)混合選育方法進行群體改良時，就可選育出相對一致，各方面性狀有所提高的優(yōu)良品種。
在中藥材育種工作中，要根據藥用植物種類，材料的變異和優(yōu)良程度，與改良性狀的遺傳特點及育種任務等而靈活應用選育方法。除上述方法外，還可以用物理、化學或基因工程的方法培育中藥材優(yōu)良品種。但無論采用何種方法，都必須在中藥材質量監(jiān)控下進行。
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